Đáng kể tới là cảng Sài Gòn (do đang phải thực hiện chương trình di dời, chuyển đổi công năng) và hai cảng liên doanh CMIT và SP-PSA (do giá trị đầu tư lớn, mới được đưa vào khai thác, lượng hàng ít, giá dịch vụ bốc xếp thấp do cạnh tranh giảm giá của các cảng). Bên cạnh đó, một số cảng như Quảng Ninh, Cần Thơ, Cái Cui, Hải Phòng, Nghệ Tĩnh, Năm Căn… vẫn tiếp tục phải đối mặt với các khó khăn khách quan như hạn chế về luồng tàu ra vào cảng, cơ sở hạ tầng ngoài cảng chưa được đầu tư đồng bộ… Nếu xét về cơ cấu mặt hàng, tỷ trọng hàng container trong tổng lượng hàng thông qua cảng còn khiêm tốn, mới chỉ đạt 2,5 triệu TEU, tăng 8% so với năm 2010. Theo nhận định của nhiều chuyên gia, mức tăng trưởng này chưa tương xứng với xu hướng container hóa của thị trường. Nhận thức được điều này, lãnh đạo Tổng công ty đã khuyến cáo các cảng thành viên, đặc biệt là các cảng container mới được đầu tư trong giai đoạn tới cần chú trọng xây dựng các giải pháp mở rộng thị trường, nâng cao sản lượng hàng container thông qua cảng, đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của thị trường. Trong năm 2012 nhằm tăng năng lực xếp dỡ cho hệ thống cảng biển của Tổng công ty, Tổng công ty sẽ tập trung đẩy nhanh tiến độ các dự án đang triển khai như Dự án cảng Cái Cui giai đoạn 2 (Cần Thơ); cảng Sài Gòn – Hiệp Phước giai đoạn 1… Cùng với đó, Tổng công ty cũng sẽ tiếp tục chuẩn bị thủ tục đầu tư các dự án như cảng cửa ngõ quốc tế Hải Phòng; Dự án di dời, chuyển đổi công năng cảng Sài Gòn – Hiệp Phước giai đoạn 2; Kho, cầu cảng xăng dầu Vinalines (Đồng Nai); Cảng Tiên Sa (Đà Nẵng) giai đoạn 2…