CĐ TCty Hàng hải VN đã cùng với CĐ Thủy thủ toàn Nhật Bản (JSU) duy trì Dự án Nâng cao chất lượng thuyền viên VN (VSUP) với số lượng học viên mỗi năm gần 200 người và nội dung đào tạo gồm: Nâng cao trình độ tiếng Anh, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ; cập nhật về các Công ước quốc tế, các kiến thức pháp luật hàng hải quốc tế và VN; rèn luyện tác phong kỷ luật, tính chuyên nghiệp cho đội ngũ sỹ quan, thuyền viên VN đáp ứng yêu cầu làm việc trên các đội tàu VN và quốc tế.
Trong nhiệm kỳ 2013 - 2018 của CĐ TCty Hàng hải VN đã có hơn 1.000 thuyền viên các đơn vị vận tải biển thuộc TCty Hàng hải VN được đào tạo theo chương trình này.